Descripción del Curso

Este taller ofrece una introducción a la genómica de poblaciones. Las charlas se entregarán durante un período de 8-10 días en Oxapampa, Perú, con un componente dedicado a análisis e interpretar datos RAD-Seq y otros tipos de datos de secuenciación de ADN de última generación. El curso examinará los procesos evolutivos que afectan las frecuencias de los alelos de las poblaciones naturales: mutación, deriva genética, selección natural y el flujo génico. La genética de poblaciones ha tenido una larga tradición matemática y es rica en teoría y datos empíricos. En este curso, examinaremos todos los aspectos a través de modelos matemáticos, métodos para medir la variación genética y análisis bioinformático con datos reales de RAD-Seq. El enfoque taxonómico será amplio e incluirá organismos modelo y no modelo. Con la revolución de la genómica, la teoría de la genética de poblaciones ha renovado la relevancia para comprender los patrones de diversidad genética a escala genómica, como un medio para identificar genes de importancia para las enfermedades humanas, enfermedades y crianza, y para desarrollar estrategias de conservación y manejo.

La instrucción será en inglés.

Conceptos de genómica de la población
  • Historia de la genética de poblaciones
  • Frecuencias de los alelos, frecuencias de genotipo y equilibrio de Hardy-Weinberg
  • Deriva genética y mutación
  • Teoría coalescente
  • Máxima probabilidad, estadísticas bayesianas, cadena de Markov Monte Carlo
  • Subdivisión de población
  • Historia de la población y la demografía
  • Efectos de la migración
  • Desequilibrio de ligamiento y mapeo génico
  • Seleccion natural
  • Teoría neutral y pruebas de neutralidad
  • Genética cuantitativa
  • Genética de la conservación
Introducción a RAD-Seq
  • Historia del estudio del polimorfismo genético
  • ¿Qué es una perspectiva genómica?
  • Protocolo dd Rad
Análisis bioinformático
  • Evaluación de calidad y filtrado
  • Ensamblaje y alineación de secuencia
  • BLAST al genoma de referencia
  • Selección de datos
Análisis genómico de poblaciones
  • adegenet
  • SplitsTree
  • PopGenome
  • STRUCTURE y ADMIXTURE
  • BayeScan
Análisis genómico de la filogenética
  • Maximum likelihood
  • BEAST